某日，小新（矢岛晶子配音）、小葵和美伢（楢桥美纪配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正配音）企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。　　唯一能够阻止污垢达人博士的阴谋的，就只有仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发现该温泉正好处于小新他...

　　某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利配音）和小新（矢岛晶子配音）等人和飞船一起消失在了空中。　　小新的失踪令美伢（楢桥美纪配音）和广志（藤原启治配音）感到十分焦急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章配音）的男子出现在了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙...

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