面积占东京都西部1/3、人口超过230万、八成以上由学生组成的学园都市，尖端科技发展迅速，超能力开发已经深入到城市的各个角落。超能力水平高达Level5的御坂美琴（佐藤利奈配音）如往常一样和初春饰利（丰崎爱生配音）、白井黑子（新井里美配音）等好友过着平凡的日子，间或热血爆发挫败各种扰乱城市的阴谋。某天，在调查一起现今卡事件时她邂逅了长点上机学园的布束砥信（叶山郁美配音），从而得知用美琴的DNA...